Silki er prótein trefjar, einnig þekkt sem silki fibroin. Það er fjölliða efnasamband sem inniheldur köfnunarefni, eini basi stórsameindarinnar er alfa amínósýra. Almenn byggingarformúla α amínósýra er RCH (NH2) COOH. Vegna þess að amínóhópur hans er staðsettur á α kolefnisatóminu við hlið karboxýlhópsins eða karboxýlsýru, er það kallað α amínósýra. Samkvæmt almennri byggingarformúlu silkifíbróínsameinda eru hliðarhóparnir sem tengjast mismunandi peptíðhópum í allri stórsameindakeðjunni mismunandi, sem er mikilvægur eiginleiki náttúrulegra próteintrefja.
Það eru 18 tegundir af amínósýrum sem mynda silki fibroin. Innihald silkifíbróíns er um það bil 70%-80% af silki. Meðal þeirra eru glýsín (gly), alanín (ala) og serín (ser) um 80% af heildarsamsetningunni.
